Bei atopischen Patienten ist eine Kreuzreaktivität zwischen den verwendeten natürlichen Kräutern und den Pollen, für die sie sensibilisiert sind, möglich. Über Nebenwirkungen, u. a. so schwerwiegende wie die Anaphylaxie, werden laut den Autoren bei 60 % der Fälle berichtet, in denen Patienten KAM als Primärtherapie oder Parallelbehandlung für eine chronische Krankheit erhalten. Diese Reaktionen umfassen z. B. Anaphylaxie wegen Bienenprodukten, Echinacea und Fälle von schwerer Dermatitis durch Perubalsam (Balsamum peruvianum). Eine in den Review eingeschlossene Studie berichtete über 350 Ereignisse mit anaphylaktischem Schock und 10 Todesfälle bei 17 verschiedenen Arten von Kräuterinjektionen für Patienten mit zerebrovaskulären und Herz-Kreislauf- Erkrankungen – einschließlich der Shenmai-Injektion, einem traditionellen chinesischen Medikament, das hauptsächlich Ginseng (Ophiopogon japonicus) enthält und bei koronarer Herzkrankheit, viraler Myokarditis und chronischem Cor pulmonale angewendet wird.
Die Autoren schlussfolgern, dass bei atopischen Patienten daher eine individuelle Herangehensweise vor der Verwendung von Naturstoffen entscheidend ist, um Nebenwirkungen zu vermeiden. Das Risiko hängt ab von der intrinsischen Allergenität, Kreuzreaktionen und einer eventuellen Kontamination der Präparate.