Laut Viebahn-Haensler und León Fernández sollten 2 verschiedene Mechanismen bei der Ozontherapie verstanden werden: Zunächst gibt es den direkten Mechanismus, der bei topischen Behandlungen verwendet wird, meist über Reaktionen der Radikale. Bei systemischen Behandlungen wird der indirekte, ionische Mechanismus diskutiert: „Ozonperoxid“ wird direkt vom Glutathion-System reduziert. Die GSH/GSSG-Bilanz beschreibt die Ozondosis und den die Konzentration begrenzenden Faktor. Antioxidantien werden bei entzündlichen Erkrankungen hochreguliert; Zytokine werden heruntergeregelt.
RA kann als Modell für chronische Entzündungen gesehen werden, denn RA spiegelt in präklinischen und klinischen Studien die Pharmakologie von Ozon in typischer Weise wider: SOD (Superoxiddismutase), CAT (Katalase) und schließlich GSH (reduziertes Glutathion) steigen an, gefolgt von einer signifikanten Reduzierung von oxidativem Stress. Entzündliche Zytokine werden herunterreguliert. Dementsprechend verbessert sich der klinische Zustand.
Der pharmakologische Hintergrund ist in Zellexperimenten, präklinischen und auch in klinischen Studien gut dokumentiert und in internationalen, Peer- Review-Fachzeitschriften veröffentlicht.